Nakon osmanskog prodora u 16. veku, Zemun postaje deo granice Osmanskog carstva prema Habsburškoj Monarhiji, dok Beograd menja status između dve sile.
U 17. veku, tokom Velikih ratova Habsburg–Osmansko carstvo, Zemun prelazi u ruke Habsburgovaca i dobija status vojno-trgovinskog gradića unutar granica Monarhije.
U ovom periodu Zemun se urbanistički razvija: dolazi do pravljenja glavnih ulica, crkava i palate, dok Dunav ostaje ključna arteries za transport i trgovinu. Grad postaje „kapija prema Balkanu“, simbol Habsburške kontrole nad delom Podunavlja.
