Galerija prirodnjačkog muzeja na Kalemegdanu je prvobitno bila turska karaula za smeštaj turske straže tokom 19. veka.
Od 1957. do 1973. godine u zgradi se nalazio Muzej šumarstva i lova koji je pripojen Prirodnjačkom muzeju.
Godine 1993. Prirodnjački muzej svoj izložbeni prostor sa Vračara seli na Kalemegdan.
Renoviranje i adaptacija galerija urađena je u periodu od 1992. do 1994. godine. Nakon renoviranja, a povodomproslave 100 godina od osnivanja Prirodnjačkog muzeja (1895-1995), Galerija je zvanično otvorena 19. decembra 1994. godine izložbom „Iz riznica Prirodnjačkog muzeja“.
